南通市地处北纬31°41’06”～32°42\’44”和东经120°11\’47”～121°54\’33”。南北最大距离114.2公里，东西最宽处为158.8公里。市境东濒黄海，南临长江，北靠盐城，西接泰州。[13]
南通“据江海之会，南北之喉”，处于沿海经济带与长江经济带T型结构交汇点和长江三角洲洲头，隔江与上海、苏南灯火相邀，北接广袤的苏北平原，通过铁路与欧亚大陆桥相连；从长江口出海可通达中国沿海和世界各港。
今南通境域按地理变化和历史渊源大致分为北、南两部。今南通北部的海安、如皋一带，春秋战国时期历届吴、越、楚等国地域，东晋义熙七年（411年）置宁海、如皋等县，属海陵郡，这是北部地区建县之始。今南通南部旧称通海地区。
唐代，胡逗洲得到开发。僖宗乾符二年（875），南通已有狼山镇遏使的职位。后来，五代吴国曾设丰乐镇、大安镇、崇明镇及狼山镇。五代时直接统治静海与东洲一带的是姚氏家族。姚彦洪建筑城池官廨，号称\”静海都镇\”，统辖狼山、丰乐、大安、崇明四个大镇。[9]
后周显德三年（956），周军压境，姚氏政权控制东洲、静海约半个世纪的局面结束。显德五年（958）初，后周设立静海军，不久升静海军为通州（今南通市），并设静海、海门两县归通州管辖，州治驻静海。[9]
宋代，通州属淮南东路，天圣元年（1023）通州改名为崇州，又称崇川。政和七年（1117）通州一度称静海郡。[9]
元初至元十五～二十年（1278～1283），通州曾升为通州路，二十一年恢复为州，属扬州路。崇明县曾短时间归属通州，后又划属苏州。[9]
明初，静海县废，此后，通州只管辖海门一个县。[9]
清顺治元年（1644年），清军人关。次年七月南下占领通州。康熙十一年（1672年），海门废县为乡，并入通州。雍正二年（1724年），通州升为直隶州，隶属于江苏布政使司，领泰兴、如皋两县。乾隆二十六年（1761年），改属江宁布政使司。乾隆三十三年（1768年），割通州19沙、崇明11沙及新涨的天南等41沙设海门直隶厅。
清宣统三年九月十八日（1911年11月8日），通州官绅响应武昌起义，宣告通州脱离清王朝统治，次日成立军政府。
民国元年（1912年），江苏临时省议会决议通州废州设县，改称南通县，行政区划同宣统时的13市、8乡。民国十六年（1927年）5月，国民革命军（北伐军）抵南通，推翻北洋政府南通县知事公署，成立中华民国（南京国民政府）南通县政府，属江苏省政府管辖。民国二十三年（1934年），江苏省行政第七区（后改为第四区）专员公署设于南通城，下辖南通、如皋、海门、启东、崇明5县。1938年3月，日本侵略军侵占南通城，建立伪政权，国民党南通县政府先后迁至金沙、北兴桥，专员公署先后迁至马塘、掘港。
1940年11月，新四军东进通如海启地区，随即按照“三三制”原则建立南通、如皋、海门、启东四县抗日民主政府。1941年3月，成立苏中第四行政区专员公署，1945年12月和1946年8月先后建立苏皖边区第一、第九行政区专员公署。
1945年8月，日本宣布无条件投降。又经过3年半的解放战争，1949年2月，南通城解放。华中行政办事处决定，划南通城、唐闸镇、天生港镇、陆洪闸和近郊农村成立南通市，隶属苏皖边区第九行政区，行署机关驻南通市。当年5月，第九行政区改称苏北南通行政区。
1950年5月，南通市升格为苏北行署直辖市。1953年1月起，南通市为江苏省辖市，同时建有南通区（同年4月起改称专区，1978年7月起改为地区）。其中“市”管辖城区、郊区，专区（地区）管辖海安、如皋、如东、南通、海门、启东、崇明7县（其中崇明于1958年11月划归上海）。地、市并行的体制一直延续到80年代初。1983年3月，国务院决定，撤销南通地区行政公署，原行署所辖6县归南通市领导，市管县的体制延续至今。
解放前后县界对比
地形形成
南通地区成陆示意图
南通最早成陆的地方是位于扬泰古沙嘴最东端的海安、如皋一带。20世纪70年代海安青墩新石器遗址的发现及随后的研究证实，距今6000多年前，今南通西北部已经成陆并有人类活动。距今4000年前，江淮的沿海地区淹没。汉代，今南通地区的西北部重新涨出。从公元5世纪到20世纪初，通过四次大规模的沙洲连陆，扶海洲（今如东县地）、胡逗洲（今南通市区和附近一带）、东布洲（今海门、启东中北部）等古沙洲先后与大陆连接。在陆地不断接连的同时，由于水势的影响，部分区域地块在不断消长。明清之际，长江侵蚀通州陆地，古海门县坍没，之后又从长江口陆续涨出二三十个沙洲。清光绪二十九年（1903年），今启东南部（原称崇明外沙）与海门陆地相连。至此，今南通境域基本形成。
地质地貌
五山森林公园
南通位于江海交汇处，全境为不同时期形成的河相海相沉积平原。可分为狼山残丘区、海安里下河低洼湖沉积平原区、北岸古沙嘴区、通吕水脊海河沉积平原区、南通古河汊水网平原区、南部平原和洲地、三余海积平原区、沿海新垦区等。南通全境地域轮廓东西向长于南北向，三面环水，一面靠陆，呈不规则菱形。地势低平，地表起伏较微，高程一般在2~6.5米，自西北向东南略有倾斜。平原辽阔、水网密布是其显著特征。[14]
河流水系
横贯市区的黄金水道——通吕运河
南通境内地势平坦，河沟成网。老通扬运河接如泰运河到沿海出口以南为长江流域，面积5700多平方千米；以北为淮河流域，面积2200多平方千米。[14]
南通主要骨干河道（一级河道）有焦港河、如海运河、九圩港河、如泰运河、通扬运河、新通扬运河、通吕运河、通启运河、新江海河、北凌河、栟茶运河等，总长742.34千米；二级河道105条，总长1760.58千米。另外，还有众多三、四级河道。各级河道交织成网，相互沟通，经长期的建设与整治，形成一个能引、能蓄、能控制、能调度、能通航利用的河网水系。[14]
长江干流南通段全长87千米，江面宽6~18千米，多年平均大通流量每秒2.87万立方米，水资源丰富。长江干流河段水质良好，中泓水质符合Ⅱ类水标准，是南通市的主要供水水源，也是南通市对外水上运输的重要通道。[14]
濠河环城东路桥
气候特征
南通二十四节气
南通地处长江下游冲积平原，海洋性气候明显，年平均气温15.1度，全年降水量1040毫米左右。气候温和，四季分明，春秋两季比较短。
南通属北亚热带湿润性气候区，季风影响明显，四季分明，气候温和，光照充足，雨水充沛，无霜期长。由于地处中纬度地带、海陆相过渡带，常见的气象灾害有洪涝、干旱、梅雨、台风、暴雨、寒潮、高温、大风、雷击、冰雹等，是典型的气象灾害频发区。按近30年资料统计，年平均气温在15℃左右，年平均日照时数达2000～2200小时，年平均降水量1000～1100毫米，且雨热同季，夏季雨量约占全年雨量的40～50%。常年雨日平均120天左右，6月～7月常有一段梅雨。
南通集“黄金海岸”与“黄金水道”优势于一身，拥有长江岸线226公里，其中可建万吨级深水泊位的岸线30多公里；拥有海岸线210公里，其中可建5万吨级以上深水泊位的岸线40多公里。全市海岸带面积1.3万平方公里，沿海滩涂21万公顷，是中国沿海地区土地资源最丰富的地区之一。已探明的矿产资源主要有铁矿、石油、天然气、煤、大理石等。全市耕地总面积700万亩，土壤肥沃，适种范围广，盛产水稻、蚕茧、棉花、油料等作物。水产资源十分丰富，是全国文蛤、紫菜、河鳗、沙蚕、对虾的出口创汇基地。吕四渔场是全国四大渔场、世界九大渔场之一。