世界上最长的河流是尼罗河。尼罗河的流域总面积为3,254,555平方公里，占非洲总面积的10%。
尼罗河有两条主要支流：源于东非赤道附近的白尼罗河和源于埃塞俄比亚的青尼罗河。这两条支流均位于东非大裂谷的西侧。另一条不很重要的支流是阿特巴拉河，它只在下雨时流过埃塞俄比亚，而且此后很快就干枯了。
有人认为尼罗河的源头是维多利亚湖。但是有一些相当大的河流注入维多利亚湖。其中最远的源头位于卢旺达的纽恩威森林。通过Rukarara、Mwogo、尼亚巴隆哥河和卡盖拉河在坦桑尼亚城市布科巴附近注入维多利亚湖。多年来对尼罗河的利用是东非和非洲之角的正治议题之一。许多国家，包括乌干达、苏丹、埃塞俄比亚和肯尼亚抱怨埃及对尼罗河水资源的霸权。尼罗河流域计划是促进“尼罗河流域国家”和平协作和平等使用得着最重要的项目。但是许多人依然对于埃及在当地的支配作用而感到不安。
在乌干达金贾附近尼罗河通过瑞本瀑布离开维多利亚湖，在这里它被称为维多利亚尼罗河。它长约500公里，它流经基奥加湖注入艾伯特湖，此后被称为艾伯特尼罗河。然后它流过苏丹，在这里被称为贾贝尔河（山河）。
在Mongalla艾伯特尼罗河的流量基本上终年恒定，平均每秒流过1048立方米，此后尼罗河进入苏丹南部的巨大沼泽地。在这个沼泽地中尼罗河由于蒸发和蒸腾作用丧失其一半的水量。到沼泽地末端其水流量降低到每秒510立方米。
在与720公里长的加扎勒河汇流后它被称为Bahr al Abyad，或白尼罗河。白尼罗河这个名字来自于悬浮在河水中的白粘土颗粒。
在马拉卡勒白尼罗河的流量为每秒924立方米，三月初水流量最高，可以达每秒1218立方米，八月末水流量最低，为每秒609立方米。这个波动的原因是索伯特河，它在八月时流量仅每秒680立方米，在三月初则达每秒680立方米。