1、转基因作物作为“新物种”侵占新环境。自然界里从来没有过转基因生物，这是按照人的意志合成的“怪物”。它们因其体内有特殊基因，更具竞争性和入侵性。植入抗虫基因的作物，比一般的作物更能抵抗病虫害袭击。长此下去，转基因作物将取代原来的作物，造成品种丧失。2、转基因作物产生基因环境污染。转基因植物通过花粉进行基因转移，导致非转基因植物受到污染。在加拿大，被用作实验的油菜，开始只具抗草甘膦、谷氨酸磷或咪唑啉酮其中一种功能，后来发现了同时具备这三种功能的油菜，这说明这三种油菜之间产生了“基因交流”。3、转基因化食品会产生不可预见的生物突变，会在食品中产生较高水平和新的毒素。4、转基因食品中减少食品的营养价值或降解食品中重要的成份：美国的研究资料表明，在具有抗除草剂基因的大豆中，异黄酮类激素等防癌的成份减少了。基因化食品的虚假新鲜感迷惑消费者,有光泽的红色蕃茄能贮藏几周，但营养价值较低。5、转基因技术采用耐抗菌素基因来标识转基因化的农作物，这就意味着农作物带有耐抗菌素的基因。这些基因通过细菌而影响我们。英国的研究显示，转基因作物中的突变基因可能会进入到生物体内，其结果可能会导致新的疾病。如果类似结果发生在人和动物体内，就可能培养出功效最强的、抗菌素也无法杀死的超级细菌。6、副作用：能杀害人体：Mayeno,A.N.等(1994)报告，发生一种新的，不明原因的病症，主要表现为嗜酸性肌痛。临床表现有麻痹、神经问题、痛性肿胀、皮肤发痒、心脏出现问题，记忆缺乏、头痛、光敏、消瘦。后查明系日本一公司生产的基因化工程细菌产生的色氨酸所致。食用者在3个月后发病，导致37人死亡，1500人体部份麻痹，5000多人发生偶尔性无力。7、过敏或变态反应：基因技术会在食品中产生不能预见的和未知的变态反应原。科学家把巴西胡桃的特性移植到黄豆上去，结果却使一些对胡桃过敏的人在摄取黄豆后有产生过敏性反应的可能。