安全文明施工费在招标控制价阶段，投标阶段、进度拨付阶段，竣工结算阶段，每个阶段对安全文明施工费的计取方式都不一样。现实中，有造价人员在投标时错误计取，造成废标的大有人在；有的建设单位预付款拨付时不按规定拨付安全文明费；也有造价人员在审核中间支付时多计安全文明费，造成建设单位超付的情况；有的在竣工结算阶段搞不清安全文明费如何计取。下面分阶段说明：
招标控制价阶段：编制招标控制价时，必须按上限计取，即双倍费率。不能有任何折扣！
投标阶段：如果招标控文件中给定的是费率，必须以定额人工费为基数，按照给定的费率计取；如果招标文件给定的是固定金额，必须按给定的固定金额计取。否则按废标处理。
预付款：有关规定有矛盾，如《建设工程施工合同(示范文本)》(GF-2017-0201)中6.1.6条规定：除专用合同条款另有约定外，发包人应在开工后28天内预付安全文明施工费总额的50%，其余部分与进度款同期支付；《建设工程工程量清单计价规范》(GB50500-2013)规定，安全文明施工费于开工后28d内预付不低于本年度安全文明施工费总额的60%。这两条在实际操作中存在问题，前者“安全文明施工费总额”如何理解？招标控制价是按双倍费率计取的，而结算不可能按双倍费率计取，固必然造成多计。后者“本年度安全文明施工费”，“本年度”的金额如何确定？那么具体怎么操作呢？这需要我们查一查地方规定，比如《四川省安全文明施工费计取办法》明确规定：发包人与承包人应当在施工合同中明确安全文明施工费总费用以及费用预付计划、支付计划、使用要求、调整方式等条款。合同工期在一年以内的，发包人预付安全文明施工费不得低于基本费的70%；合同工期在一年以上的（含一年），预付安全文明施工费不得低于基本费的50%，其余费用应当按照施工进度依据合同约定支付。
进度支付阶段：预付款一般是材料预付款，比如按10%拨付，这里面就包含了安全文明施工费。所以进度款支付时，安全文明施工费应该扣除预付款时支付的70%或50%，余下的随进度支付。但实际中基本都是没有单独扣扣回的，而是同预付款一起扣回的，实际上问题不大。每期进度款拨付时，应该按“基本费率”支付，造价审核人员一定要注意，切不可按投标费率计取。
竣工结算阶段：按最新《四川省安全文明施工费计取办法》，保底费用是“基本费率”，不管有没有进行费率测评都可以得到基本费。如果想得到基本费以外的，需要承包人自愿申请费率测评，凭相关手续申请和办理，地方造价站或者住建局根据现场评分测定费率（具体测定方法文件有规定）。承包人最终凭造价管理部门或者住建局出具的费率测表编制结算。
需要注意的几点：
1.发包人单独发包的工程，如果是总承包管理，总包和发包人的分包对安全文明费四六开分，且由发包人分别直接支付给两方。
2.安全文明费的计取基数是定额人工费（分部分项+措施），这个基数一般占总价的多少，一般按10%～15%进行测算。3.除了按文件规定的费率计，有些对安全措施有特殊要求或者有危险性较大的工程时，招标控制价时要予以考虑并单列费用，投标人报价时也可以根据方案单独报价。
4.结算审计人员要注意，对住建局出具的费率测定文件，不可全信，一定要予以复核。因为这些部门存在很多不专业的“造价管理人员”，尤其是县级单位。我们曾经遇到过费率乱评的，随意填的，而且填的都高；遇到过张冠李戴的，09定额招投标的，按15定额评定费率的；还遇到过按现场评分，根据文件规定计算出来的费率和测定表费率不一致的。让我们不得不怀疑有些费率是在“酒桌”上测定的。
5.对于总价包干的项目，很多人认为“合同价即结算价”，这是欠妥的。对于总价包干项目，在竣工结算时，仍然要按文件规定调整安全文明施工费。
（以上为个人观点，如有不妥，欢迎指正！）